1.特许权使用费的安排通常多发生在关联方之间

2.支付一般发生在公司的财务部门，通过非贸易项下对外付汇，容易和关务部门脱节

3.支付行为一般发生在进口货物放行之后且会定期延续性支付

4.特许权使用费在国内税务部门也存在纳税问题（预提所得税和增值税）

公司是否对外支付了特许权使用费。如果财务部门未发生此类支付业务，尽管存在进口货物行为，也无需考虑特许权使用费的海关应税问题。

公司是否有进口货物业务。尽管公司可能对外支付了特许权使用费，但是未发生过进口业务，全部为国内贸易，则也无需考虑特许权使用费的海关应税问题。

只有一个公司既存在进口业务，也存在对外支付的特许权使用费，才需要自我梳理和评估海关的应税问题。

公司属于什么类型。如果是贸易型公司，商标费比较常见；如果是生产制造型公司，除了商标费，也常会发生专利、专有技术费。生产型企业的特许权使用费问题通常会比贸易型企业复杂。

使用了许可方具体什么内容的特许权。一般会在双方的特许权使用许可协议中有规定，比如进口货物中含有专利、专有技术或者公司在车间生产线的制造装配过程中用到了许可的专利、技术等。但实务中协议的描述可能比较概括笼统，给进出口企业回答该问题带来难度，所以特许权使用费的海关应税梳理，往往需要生产工程技术的人员一并参与。

进口货物的基本情况。如进口货物的总体规模（数量、货值）、监管方式（加工贸易、一般贸易）、境外供应商（关联或非关联方）等等，关务和采购、供应链部门对这些情况应当十分清楚，有利于准确判断海关的应税问题。

进口货物和特许权的关系。在回答了上述问题的基础上，就很快能评估出特许权使用费和进口货物二者的关系，是否存在海关涉税问题也就一目了然。  

为规范特许权使用费的申报，海关总署出台了《关于特许权使用费申报纳税手续有关问题的公告》（海关总署2019年第58号公告），规定：

存在应税的特许权使用费

如进口时已支付：在货物申报时将已支付的金额填报在报关单“杂费”栏目，无需填报在“总价”栏目。

如进口后支付：在货物申报进口时未支付应税特许权使用费的，应在每次支付后的30日内向海关办理申报纳税手续。企业需填写《应税特许权使用费申报表》。报关单“监管方式”栏目填报“特许权使用费后续征税”（代码9500），“商品名称”栏目填报原进口货物名称，“商品编码”栏目填报原进口货物编码，“法定数量”栏目填报“0.1”，“总价”栏目填报每次支付的应税特许权使用费金额，“毛重”和“净重”栏目填报“1”。

如果企业未能严格遵循上述申报要求，事后可以通过主动披露的方式向海关进行报告说明，妥善处理特许权使用费的海关问题。