几十年来，LVB经历了严重的环境退化，导致了严重的生态和经济问题。快速的人口增长、农业扩张、城市化和工业化给湖泊及其流域生态系统带来了极大的压力，并导致了土地退化和流域湿地和森林的丧失。陆地生物多样性受到自然栖息地丧失的负面影响。对非法和过度捕捞活动的监测不足和执法规定薄弱，导致鱼类种群减少，威胁到至关重要的生计和粮食安全。

人类住区和工业等点源和农业用地等非点源以及流域内其他土地利用形式造成的水污染降低了水质并导致富营养化。在一些次级集水区，由于不可持续的土地利用做法和土壤侵蚀，氮负荷可能高达1000 kg/km2/年。因此，水葫芦是一种臭名昭著的入侵物种，影响渔业、水质和水路运输以及有毒藻类，在维多利亚湖的许多地方迅速生长和传播。该湖的水资源管理和提取，包括其在乌干达Jinja出口的排放率，有可能影响水位。这些问题密切相关，具有重大的跨界影响。